反乱軍にとって暗黒の時代であった。デス・スターは破壊されたが、帝国軍の機動部隊は反乱軍を秘密基地から撤退させ、銀河系全域の捜索を開始したのである。

ルーク・スカイウォーカー率いる自由の戦士の一隊は、強大な帝国艦隊から逃れ、辺境の氷の惑星ホスに新たなる秘密基地を設立することに成功する。その一方で、スカイウォーカーの捜索に執念を燃やすダース・ヴェイダーは、インペリアル級スター・デストロイヤー＜ストーカー＞から宇宙の隅々にまで、何千ものプローブ・ドロイドを放ったのだった。

ホスの雪原では反乱軍の英雄ルーク・スカイウォーカーとハン・ソロがトーントーンに跨って定期パトロールを行っていた。ハンは基地に帰還するが、ルークは隕石を調査するため移動しようとしたところを雪獣ワンパに襲われる。

タトゥイーンへ戻るべく愛機＜ミレニアム・ファルコン＞の整備へと向かうハンを、レイア・オーガナが呼び止める。彼女はハンの力が必要だと言い、彼を引き止めようとするが、ハンが望んでいたのは反乱軍のリーダーとしてではなく、レイア個人としての慰留だった。

エコー基地ではル−クを探しに行ったハンからの連絡が途絶え、ついに防寒扉が閉じられると、レイアとチューバッカの表情に絶望の色が横切る。

そのころ、ルークはワンパの洞窟に逆さづりの状態で捕らえられていた。意識を取り戻した彼は氷に突き刺さったライトセイバーを引き寄せる。ルークはワンパの腕を一刀両断し、命からがら洞窟を逃れるのだった。

だが、厳寒の雪原で彼は再び倒れてしまう。意識がもうろうとするなか、ルークに呼びかけたのはフォースと一体となって姿を現した亡き師、オビ＝ワン・ケノービだった。老師は惑星ダゴバへ行き、マスター・ヨーダの教えを乞えと告げる。

旗艦スーパー級スター・デストロイヤー＜エグゼキューター＞の艦橋でピエット艦長からの報告を受けた暗黒卿は、フォースの直感でホスに反乱軍の秘密基地があることを確信する。艦隊司令官のオゼル提督は異論を挟むが、ヴェイダーの信念は揺るがなかった。彼は全艦をホス星系へ向けさせ、総攻撃の準備を命じたのだった。

やがて帝国艦隊がホスに姿を現した。しかし、同盟軍は攻撃に備えて強力な防御シールドを作動させており、帝国軍は砲撃を封じられてしまう。ヴェイダーはその失態への怒りをオゼルに向け、彼を処刑すると共にピエットを提督へと昇格させた。そして、ヴェイダーはヴィアーズ将軍にAT-AT部隊による地上攻撃を命じたのである。

一方、反乱軍はルーク率いるローグ中隊が帝国軍のAT-ATと対峙する。しかし、無敵のAT-ATの前に反乱軍は大打撃を受け、徐々に前線を後退させていった。そして、ついにヴィアーズ将軍によってエネルギー基地が破壊されると、ヴェイダー自ら地上に降り立ち、ルークの捜索を開始するのだった。

レイアの身を案じるハンは、彼女を＜ファルコン＞に乗せてホスを脱出する。ようやく追っ手を振り切ると、＜ファルコン＞は巨大な岩に開いた洞窟の中へと身を隠すのだった。

一方、ルークは、オビ＝ワンの助言に従い、R2-D2を伴ってXウィングで惑星ダゴバへと向かう。沼の惑星ダゴバは文明社会とは程遠い無人の惑星。そこで小柄なエイリアンの老人と会う。この老人こそが旧共和国のジェダイ・マスター・ヨーダだったのだ。ルークは彼に入門の許可を求める。ヨーダはルークが今ある現実を見ず、未来ばかりを見つめていることに渋りながらも、銀河に光をもたらす希望を求めて、この若きジェダイを弟子とするのだった。

ヴェイダーに、パルパティーン皇帝からの呼び出しがかかる。パルパティーンはデス・スターを破壊したスカイウォーカーの息子がフォースに騒乱を巻き起こしていると告げ、警告する。ヴェイダーはダーク・マスターに、ルークをダークサイドに引き込むか、それを拒むなら抹殺すると請け負うのだった。

洞窟の中で、ハンたちは＜ファルコン＞の修理に取り掛かっていた。その途中、ハンとレイアは、徐々に心の間を狭めていく。しかし、そこは洞窟ではなく、想像を絶するほどの大きさをしたスペース・スラッグの体内だったのだ。ハンは急いで＜ファルコン＞を発進させて難を逃れる。船を修理するためベスピンへと向かう。採鉱都市、クラウド・シティがあるのだ。しかし、ヴェイダーに雇われた賞金稼ぎの中でただ1人、＜スレーヴＩ＞に乗るボバ・フェットだけが獲物を視界に捉えていたのである。

ダゴバで修行に励むルーク。ヨーダは若き弟子に未来を予見するよう指示し、ルークは瞑想の中で、雲に浮かぶ都市と、そこで苦しむハンやレイアの姿を垣間見るのだった。彼は仲間を助けに行かなければならない衝動に駆られ、ヨーダとオビ＝ワンの制止を振り切って出発の準備を進める。2人の師は、ルークがダークサイドの誘惑に駆られることを危惧しており、まだヴェイダーと戦うには早すぎると戒めた。だが、ルークは行ってしまう。オビ＝ワンは困惑するヨーダに、彼が最後の希望だと告げるが、ヨーダはもう一人の存在をほのめかすのだった。

クラウド・シティではハンたちがランドの歓迎を受けていた。しかし、レイアは一見平和に見えるこの都市に何か不穏な気配を感じていた。レイアの直感は正しかった。フェットに導かれた帝国軍が先に到着しており、ランドもやむなくハンを裏切っていたのである。ハンとレイアは互いに愛し合っていたことを確認するが、ハンは実験台としてカーボナイト冷凍にかけられ、フェットに引き渡されてしまう。そして、レイアとチューバッカも帝国軍の捕虜として連行される。

隙を突いて帝国を裏切ったランドは、レイアとチューイーを解放してソロの救出へと急ぐ。だが、あと一歩及ばず、＜スレーヴI＞は彫像と化したハンを載せ、ジャバ・ザ・ハットの待つタトゥイーンへと発ってしまう。

一方、ヴェイダーとルークは互いのライトセイバーを手に、激しくぶつかり合っていた。ときにルークは父を殺した暗黒卿を圧倒し、ヴェイダーはかつての師であるオビ＝ワンに教えを受けた若きスカイウォーカーの力量に感心するが、両者の実力の差は歴然としていた。やがてルークは強大なフォースのダークサイドに押され、右手を失い、傷だらけとなって追い詰められる。

勝利を決定的なものにしたヴェイダーは、ルークに驚愕の事実を告げるのだった。
自分がお前の父親なのだと。
ルークはその言葉を激しく否定するが、フォースはそれが事実だと告げていた。ヴェイダーは息子をダークサイドへと誘い、皇帝亡き後の銀河を統治しようと持ちかける。だが、ルークは誘惑を断ち切り、自ら奈落の底へと落ちていくのだった。

ルークは、フォースを通じてオビ＝ワンに、そしてレイアに助けを求める。彼の心の声に気づいたレイアはランドに戻るよう要求し、直感を頼りにルークを見つけ救出したのである。辛くも一命を取り留めたルークだが、彼の心はオビ＝ワンとヴェイダーが語った相反する2つの事実の間で複雑に揺れていた。

その後、反乱軍の集合地点で治療を受けたルークは、レイアと2体のドロイドと共に、＜ミレニアム・ファルコン＞の出発を見送っていた。ランドとチューバッカがハンを救出するため、タトゥイーンへと発ったのである。ルークも後から合流すると告げ、仲間とのしばしの別れを前に、決意を新たにするのだった。