共和国はシス卿ドゥークー伯爵による攻撃によって、崩壊寸前にまで追い詰められていた。この混乱の中、ドロイドの指揮官グリーヴァス将軍は共和国の首都を急襲し、銀河元老院の指導者パルパティーン議長の誘拐に成功する。

　オビ＝ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカーは議長が捕らえられているグリーヴァス将軍の旗艦＜インヴィジブル・ハンド＞へ行く。しかし、そこにはドゥークー伯爵も待ち構えていた。戦いはアナキン・スカイウォーカーの勝利。アナキン・スカイウォーカーはとどめを刺すことをためらうが、パルパティーンは彼を殺せと命じるのだった。アナキンは苦悩するが、無抵抗な伯爵を殺す。
久しぶりに再開したアナキン・スカイウォーカー夫婦は互いの愛を確認し合い、パドメは夫にアナキンの子供を宿していることを告げる。
アナキンは、3年前に母を失ったときと同じ悪夢にうなされていた。しかも、今回はパドメが死の淵で苦しんでいる光景を予知したのだ。アナキンは再び愛する者を失うかもしれないという不安に恐れを抱く。

議長はアナキンを自らの私的代理人として評議会に送り込み、一方で評議会もアナキンに議長を内偵するという極秘任務を与えることになる。評議会の席をもらいながらもマスターへの昇格を見送られたアナキンは、大きな不満を募らせていた。

単身でウータパウに到着したオビ＝ワンは、グリーヴァスの所在を突き止め、分離主義勢力の本拠地へと忍び込む。グリーヴァスは、オビ＝ワンに一騎打ちを挑み、4本のライトセイバーで襲い掛かる。

パルパティーンは、アナキンに妻を救うためにダークサイドへ転向するよう誘惑する。パルパティーンこそがダース・シディアスだった。アナキンは激しい憎悪から一度はライトセイバーを起動させ、議長へと突きつけるが、この恐るべき事実を報告するためジェダイ聖堂へと戻る。

パルパティーンの逮捕のために、メイス・ウィンドゥ他4人が来た。メイスは命乞いするシス卿にとどめを刺そうとするが、アナキンがこれを制する。アナキンはパドメを救う秘術を守るために我を失い、メイスの腕を切断したのだ。その一瞬後、反撃に出たパルパティーンはメイスを焼き焦がし、彼の体をコルサントの夜空へ飛ばす。

シディアスはアナキンに自分の弟子となり、フォースのダークサイドを学べと告げる。アナキンはついにパドメの命を守るため、シス卿の前に膝を付き、ダース・ヴェイダーの名を与えられた。

シディアスは銀河中に展開するクローンたちにオーダー66、すなわちジェダイ抹殺命令を発令する。ほとんどのジェダイが不意打ちによって命を落としていった。オルデランのベイル・オーガナ議員は異常事態を察知し、生き残りのジェダイを救出するべく、＜タンティヴィIV＞でコルサントを飛び立つ。

元老院ではパルパティーンが自らを皇帝と称し、銀河帝国の誕生を宣言した。ついにクローン大戦が終結したのである。

オビ＝ワンはパドメのアパートを訪れる。だが、パドメはアナキンを愛しており、彼が悪に寝返ったという話を信じようとしない。

パドメとアナキンは再会したが、彼がパルパティーンを倒して家族で銀河を支配したいと告げると、パドメはオビ＝ワンが正しかったことを認識する。オビ＝ワンの姿を発見したとき、アナキンはパドメが自分を裏切ったと錯覚し、彼女の首を締める。パドメは気を失って地面へと倒れた。オビ＝ワンとアナキンは灼熱の溶岩を背景に、激しく戦う。

そのころ、パルパティーンとヨーダが元老院議事堂で激しくフォースをぶつけ合う。勝利はないと悟ったヨーダは議事堂から脱出し、ベイルに救われる。

ムスタファーではアナキンとオビ＝ワンの死闘が続いていた。アナキンは義手を除く手足をすべて切断され、苦悶の叫びをあげながら引火した溶岩の炎に包まれる。オビ＝ワンは、かつての弟子であり、選ばれし者だった男のライトセイバーを拾い上げると、深い哀しみを胸に船へと引き返す。

ムスタファーに到着したパルパティーンはヴェイダー(アナキン)を発見し、急いでコルサントへと送り届ける。彼は医療センターで緊急手術を施され、異様な姿のサイボーグとして蘇るのだった。

一方、オビ＝ワンはパドメの出産に立ち会うことになる。子供は男女の双子だった。パドメは2人をルークとレイアと名づけると、オビ＝ワンに、アナキンにはまだ善の心が残っていると言い残し、静かに息を引き取った。その後、レイアはオーガナが引き取ることとなり、ルークはオビ＝ワンの庇護のもと、タトゥイーンのラーズ夫妻に預けられることになる。また、ヨーダはシスの手の届かない惑星に隠遁することを決意するが、やがて子供たちが邪悪に立ち向かえる年齢に達するまで、オビ＝ワンにある訓練を薦めるのだった。かつてシスに倒されたクワイ＝ガン・ジンが、リビング・フォースの神秘によって冥界から戻ってきたのである。2人のジェダイは彼からリビング・フォースの訓練を受け、死後も生者と交信する方法を身につけることになる。

帝国軍の巨大宇宙ステーションの建造が進められていた。また、ナブーではパドメの葬儀が執り行われ。オルデランではオーガナ夫人のブレハが幼いレイアを抱き抱える。タトゥイーンでは、オビ＝ワンがベルー・ラーズにルークを手渡した。

やがて銀河を救う新たなる希望は、離れ離れに成長していく。