銀河元老院に不穏な気配が漂っていた。数千もの星系が共和国から脱退する意思を宣言したのだ。謎の指導者ドゥークー伯爵の指揮する分離主義運動が混乱の元である。ドゥークーはかつてクワイ＝ガンを訓練した偉大なジェダイ・マスターでもあった。
ナブーの前女王アミダラ元老院議員は、ジェダイへの支援軍隊設立の是非を問う票決に参加すべく、銀河元老院へと戻った。

パドメの宿舎で、オビ＝ワンとアナキンは10年ぶりに彼女との再会を果たす。特にアナキンはこの10年間、絶えずパドメを想い続けてきたのだった。

パドメに心を奪われたアナキンに、オビ＝ワンが個人的な恋愛感情を禁じたジェダイ騎士団の掟を説いた。

アミダラの暗殺を企てるのは女賞金稼ぎザム・ウェセルと、その雇い主である銀河系最強の賞金稼ぎジャンゴ・フェットである。寝静まったパドメの部屋にザムが送り込んだ暗殺ドロイドが来る。オビ＝ワンとアナキンはドロイドを追跡し、コルサントの深夜の摩天楼で壮絶なスピーダー・チェイスが繰り広げられる。ジェダイは彼女に黒幕の正体を尋問するが、遠方からジャンゴの放った毒入りダーツによって、ザムは死ぬ。

オビ＝ワンは、そのダーツについて調査するため、旧友デクスター・ジェッスターのダイナを訪れる。知識豊富なデクスターはダーツの出処がクローン職人の惑星として知られるカミーノであることを教えてくれた。

パドメを警護する役を与えられたアナキンはパドメと共に首都シードに到着し、安全な湖畔に身を寄せる。2人で過ごすうちに、急速に親密になっていくが、アナキンの強い情熱をよそにパドメはどうしても一線を踏み越えることが出来ないのだった。議員という立場、ジェダイの掟が2人の間に立ちふさがっていたのである。

地表のすべてが水に覆われ、絶えず嵐の吹き荒れる惑星カミーノに到着したオビ＝ワンに、カミーノの首相ラマ・スーは、突然に、既に発注どおり、共和国軍となる20万のクローン兵を完成させており、追加分の100万も完成間近だと説明する。オビ＝ワンは内心驚きながらも、クローン軍を視察し、このとき彼らの遺伝子提供者が賞金稼ぎのジャンゴ・フェットであることを知らされる。

ジャンゴは報酬として得た自分の完全なクローン、ボバ・フェットと共にカミーノからの逃走を図る。

ある朝、アナキンは夢にうなされ目を覚ます。タトゥイーンに残してきた母シミが苦しんでいる姿を予見したのだった。タトゥイーンに戻ったアナキンは懐かしいC-3POとの再会を果たしたものの母の姿は見えなかった。シミはタスケンの盗賊たちに連れ去られ、1ヶ月間行方不明なのだという。母の身を案じるアナキンはオーウェンのバイクを借り、砂漠の荒野を目指すのだった。

オビ＝ワンはジャンゴとボバが愛機＜スレーヴI＞で逃走したのを追いかけ、辺境の惑星ジオノーシスへと到達する。大規模な製造工場で無数のバトル・ドロイドが作られていた。ヌート・ガンレイ総督やドゥークー伯爵らが独立星系連合を旗揚げし、大量生産したドロイド軍をもって共和国とジェダイに対抗する戦争の準備を進めていた。

タスケンのキャンプにたどり着いたアナキンは、小屋の中についにシミの姿を発見する。衰弱しきっていたシミは愛する息子に抱かれたまま、安らかに息を引き取るのだった。
｢あなたが来てくれるのは分かっていた....とても会いたかった．．．｣

間に合わなかった。母を失ったアナキンの怒りは凄まじく、彼は怒りに任せてタスケンを皆殺しにする。

オビ＝ワンは評議会のマスターや元老院議員たちに戦争の準備がされていることを伝えるが、その直後にドロイドに発見され、捕らえられてしまう。アミダラ議員の代理に任命されていたジャー・ジャーは議会で一世一代の演説を行い、パルパティーンへ非常時特権を与えることを訴える。非常時特権を与えられたパルパティーンは直ちにクローン軍を採用し、分離主義勢力の打倒を宣言する。

オビ＝ワンを救出するために到着したアナキンらはドロイド製造工場へと侵入するが、大乱闘の末、捕らえられてしまう。アナキンとパドメはオビ＝ワンと共に共和国のスパイ容疑によって処刑されることになるのだった。このときパドメはアナキンへの愛を告白する。

200人からのジェダイが処刑場になだれ込む。アナキンたちも解放され、ジオノーシアンたちが逃げ惑うなか、代わりに何千体ものバトル・ドロイドが押し寄せてきた。この戦いは熾烈を極め、メイスは強敵のジャンゴを倒すが、多くのジェダイが殺害されてしまう。上空からクローン軍を引き連れたヨーダが降りてくる。圧倒的なクローン軍の戦力によって形成は一気に逆転。やがて戦場は砂漠の荒野へと移動し、ジェダイ率いるクローン軍とドロイド軍との全面戦争へ突入する。

アナキンとオビ＝ワン、パドメを乗せたガンシップがドゥークー伯爵の後を追うが、パドメが砂漠に転落してしまう。オビ＝ワンは彼女を助けようとするアナキンを一喝し、任務の優先を説いた。元ジェダイ・マスターのドゥークーは余りにも強かった。アナキンをフォースの電撃で失神させると、オビ＝ワンをもあっさりと倒してしまう。アナキンも再び戦いを挑むが、右腕を切断され、再び倒されてしまう。そこへ姿を現したのはマスター・ヨーダだった。ライトサイドとダークサイド、両者の達人が持てる力を尽くして激しくぶつかり合う。決闘はフォースの戦いからライトセイバー戦へと移り、敵わぬと悟ったドゥークーはフォースで巨大な支柱を倒すと、動けなくなった師弟を襲うのだった。そしてヨーダが2人を助けようと気を逸らした隙に、宇宙船で逃走してしまう。

ドゥークー伯爵=シス卿ダース・ティラナスは、ダース・シディアスに戦争が始まることを報告する。

無数のクローン兵が分離派の惑星へ向けて出撃を開始した。悲痛な面持ちのベイル・オーガナとは対照的に、パルパティーンは決意に満ちた表情でその光景を眺めている。銀河系と共和国に破壊と殺戮をもたらす凄惨な戦い、クローン大戦がついに幕を開けたのだった。

そのころ、ナブーの湖畔ではアナキンとパドメが3POとR2に見守られて秘密の挙式を行っていた。ジェダイの掟は結婚を禁じている。だが、2人にはもはやそんなことは関係なかったのだ。