銀河共和国は混乱していた。辺境の星を結ぶ交易ルートへの課税を巡って論争があり、通商連合は武力での解決を図るべく、大規模な艦隊によって小惑星ナブーの物流を完全にとめてしまう。

ヴァローラム元老院議長の特使、ジェダイ・マスターのクワイ＝ガン・ジンとその弟子オビ＝ワン・ケノービを乗せた共和国艦＜ラディアントVII＞がナブーに到着する。

黒幕の正体は共和国の転覆を目論むシスの暗黒卿ダース・シディアスだった。

ナブ−のアミダラ女王は捕らえられるがジェダイによって救出され、元老院議会で危機を訴えるべく、コルサントへ逃亡。女王一行を乗せたロイヤル・スターシップは攻撃を受けたが、アストロメク・ドロイドのR2-D2が危機を救う。

ロイヤル・スターシップの修理のために犯罪王ハットが支配する無法惑星タトゥイーンへ向かう。タトゥイーンの砂漠地帯に着陸したクワイ＝ガン、アミダラの侍女のパドメ、ジャー・ジャー、そしてR2-D2が交換用のハイパードライブを求めてモス・エスパへと向かう。

彼らはワトーの店で働いていた9歳の奴隷少年、アナキン・スカイウォーカーに会う。アナキンは自力でポッドレーサーやプロトコル・ドロイドのC-3POを組み立てる天才少年だった。この時、クワイ＝ガンはアナキンに信じられないほど強大なフォースが宿っていることを見出した。修理部品とアナキン自身を賭けたポッドレース。主催者ジャバ・ザ・ハットの合図と共に、総勢18名のレースが開始された。競技場に戻る直前にセブルバのレーサーはクラッシュし、アナキンが初優勝を遂げた。アナキンは奴隷から解放された。クワイ＝ガンは彼をコルサントへ連れて行き、ジェダイの訓練をさせると約束する。道中、アナキンはパドメに密かな恋心を抱く。

クワイ＝ガンはアナキンをジェダイ訓練生として迎え入れたいと申し出た。
アナキンこそが予言に示されたフォースに均衡をもたらす「選ばれし者」だと信じていた。

元老院ではナブーの問題で臨時議会が召集され、アミダラが祖国の惨状を訴える。しかし、議会は紛糾する。女王はついにパルパティーンの提案どおり、議長の解任決議を要求し、満場一致で可決される。うなだれるヴァローラムを尻目に、パルパティーンは密かに微笑んでいた。

ジェダイ評議会ではアナキンの才能が認められたが、同時にアナキンの心に潜む影、母親と離れ離れになった不安、それらがヨーダやメイスに一抹の懸念を抱かせる。クワイ＝ガンはアナキンの不合格を通告されると、評議会に背いて彼を訓練すると宣言する。

パドメはジャー・ジャーの案内でグンガンの避難所へ向かい、ボス・ナスと対面する。そこでパドメが彼らに跪き、ナブー解放への助力を願い出た。パドメこそがアミダラ女王本人だったのだ。このときナブーとグンガンとの長年の確執が解消され、両種族は力を合わせて侵略者を撃退することになった。

グンガンの偉大なる部隊が草原でドロイド軍と乱戦を繰り広げる。

アナキンはドロイド司令船の内部へと侵入し、主反応炉を破壊、船を大破させた。その瞬間にドロイド軍は動作を停止させ、グンガン軍が勝った。

一方、シード王宮で戦っていた2人のジェダイはピンチであった。オビ＝ワンが戦いから切り離され、その間にモールが圧倒的な力でクワイ＝ガンを仕留めたのである。師を失ったオビ＝ワンが怒りに任せてモールに襲い掛かる。オビ＝ワンの起死回生の一撃が慢心したシス卿の体を引き裂き、ナブーの戦いが終わった。クワイ＝ガンは弟子にアナキンを託し、この世を去る。

パルパティーンは、アミダラと共に共和国の発展を誓う。また、オビ＝ワンはヨーダにクワイ＝ガンの遺言を伝え、アナキンを弟子とすることを了承させた。シードでナブー解放とパルパティーンの議長就任、そしてナブーとグンガンの共存の実現を祝う盛大なパレードが開催された。民衆は平和を誓い、歓喜に溢れた。